Merkez, 2003 yılından bu yana bünyesindeki birimlerin yürüttüğü çalışmaların tek çatı altında toplanması amacıyla kuruldu. İstanbul Bilgi Üniversitesi Rektörlüğü tarafından Yüksek Öğretim Kurulu’na yapılan başvuru sonucunda 2008 yılında resmi olarak kurulan Merkez’in yönetmeliği 25 Eylül 2008 tarihli ve 27008 sayılı Resmî Gazete’de yayımlandı.
Türkiye’de bir üniversite bünyesinde sivil toplum alanına yönelik kurulan ilk yapı olan STK Eğitim ve Araştırma Birimi, çoğulcu demokraside sivil toplum kuruluşlarının rolünün güçlendirilmesine ve STK’ların etkin çalışmalarına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. Bu amacın ardında STK’ların, özellikle de taban örgütlenmelerinin, katılımcı bir demokrasinin kurulmasında kilit paydaşlar oldukları görüşü yatmaktadır.